‌‌‌‌در سال‌ 1990 دو گروه‌ تحقيقاتي‌ همزمان‌ روشي‌ را براي‌ سنجش‌ ميزان‌ چند شكلي ابداع‌ كردند يك‌ گروه‌ در شركت‌ دوپونت كه‌ روش‌ خود را RAPD ناميدند و گروه‌ ديگر در موِسسه ‌تحقيقات‌ زيست‌ شناسي‌ كاليفرنيا كه‌ روش‌ خود را واكنش‌ زنجيرهِ پلي‌ مراز با پرايمر تصادفي ‌Arbitrarily Primed PCR ناميدند.‌‌‌‌ در اين‌ روش‌ يك‌ آغازگر چند نوكلئوتيدي‌ كوتاه‌ كه‌ بطور تصادفي‌ از تواليهاي‌ بازي A‌ انتخاب‌ شده‌ است‌ در مجاور ساير مواد لازم‌ براي‌ تكثير درPCR قرار مي‌گيرد. در اين‌ تكنيك‌ چند شكلي‌هاي DNA ‌ يا از اختلافات‌ موجود در توالي DNA ‌در مكانهاي‌ اتصال‌ آغازگر يا از طريق ‌دگرگوني هائي‌ كه‌ در اثر اضافه‌ شدن‌ و حذف‌ و انورسيون‌ در نواحي‌ تكثير شده‌ روي‌ داده‌ است ‌مشاهده‌ مي‌گردد.‌‌‌‌‌‌ اگر مكانهاي‌ اتصال‌ آغازگر روي‌ دو رشته‌ الگو، در فاصله مناسبي‌ قرار گرفته‌ باشند، DNA پليمراز قادر به‌ طي‌ كردن‌ فاصله‌ دو پرايمر اتصالي‌ خواهد بود. در اين‌ روش‌ بطور كلي‌ از آغازگرهائي‌ با طول‌ 9-10نوكلئوتيد با حداقل‌ محتواي‌ 50 GC% استفاده‌ مي‌شود.
این روش سریع بوده، به مقدار کمی DNA نیاز داشته و به رادیواکتیویته نیاز ندارد. ‌‌‌‌ماركر RAPD يك‌ ماركر غالب‌ است‌ زیرا چند شکلی ها متکی به حضور یا عدم حضور نوارهابر روی ژل های رنگ آمیزی شده با اتیدیوم بروماید مشخص می گردد و در آن‌ ژنوتيپ‌ افراد هتروزيگوت‌ را نمي‌توان‌ تشخيص داد. اين‌ مسئله‌ باعث‌ كم‌ ارزش‌ شدن‌ آن‌ درF2 شده‌ است‌. همانند آیزوزایم ها و مارکرهای RFLP، از RAPD برای تهیه نقشه ژنتیکی،براورد رابطه ژنتیکی و ردیابی صفاتی مثل مقاومت به بیماری به کار میرود. ‌‌‌‌كاربرد RAPD درگونه‌هاي‌ پستاندار محدود است‌ و كمتر درمطالعات‌ حيواني‌ استفاده‌ مي‌شود علاوه ‌بر غالبيت، دماي‌ اتصال‌ پايين‌ به‌ علت‌ كوتاهي‌ پرايمرها احتمال‌ وقوع‌ اتصالات‌ اشتباهي‌ را بالامي‌برد.